La educación superior, tiene como fin el de impulsar el mejoramiento académico y administrativo así como la vinculación de las instituciones de educación, para atender las necesidades de formación de profesionistas para generar el conocimiento, habilidades y destrezas que requiere el desarrollo sustentable del Estado mediante el mejoramiento de las oportunidades de acceso y permanencia y el impulso de la calidad, equidad, cobertura, pertinencia y eficiencia terminal en la educación superior en Chiapas.

Este nivel educativo es atendido por la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas (UNICAH) y de educación Normal, dependiente de esta dependencia, organismos desconcentrados como Universidad Pedagógica Nacional (UPN), Universidad Tecnológica de la Selva (UTS), Universidad Politécnica (UP) e Institutos Tecnológicos, Así como organismos autónomos como la Universidad Autónoma de Chiapas (UNACH).